Vận tải biển và công nghiệp đóng tàu có mối quan hệ mật thiết với nhau, đóng tàu cung cấp phương tiện cho vận tải biển. Khi kinh tế thế giới phát triển thì nhu cầu vận tải nói chung và vận tải biển nói riêng tăng cao kéo theo nhu cầu trang bị đội tàu tăng lên và các nhà máy đóng tàu lại nhộn nhịp các đơn đặt hàng...Trong khi đó ngành công nghiệp đóng tàu của nước ta còn non trẻ, chưa có thương hiệu lớn thì việc thành lập các công ty vận tải biển thuộc Vinashin là rất cần thiết. Hoạt động vận tải vừa quảng bá thương hiệu của Vinashin trên toàn thế giới vừa là chủ tàu tiêu thu các sản phẩm tàu mẫu của Vinashin và mang những con tàu tham gia thị trường vận tải quốc tế nhằm thu hồi lại nguồn vốn đầu tư nhanh nhất cho tái đóng mới của Vinashin.

Đến nay, đội tàu vận tải của Tập đoàn đã có 12 công ty vận tải hoạt động trong và ngoài nước như: Công ty vận tải Biển Đông, Công ty vận tải viễn dương Vinashin, Công ty vận tải thủy Cần Thơ, Công ty vận tải sông biển Cần Thơ, Công ty Đóng tàu và vận tải Hải Dương, Công ty Hàng hải Vinashin, Công ty cổ phần vận tải và CNTT Bình Định, Công ty cổ phần đầu tư và vận tải dầu khí Vinashin, Công ty CNTT Nam Triệu, Công ty liên doanh Baikan, Công ty đầu tư phát triển CNTT phía nam, Công ty đầu tư và thương mại GTVT (Traimex).

Đội tầu vận tải của Vinashin đã có tổng cộng 92 con tàu các loại, tổng trọng tải đạt trên 1,3 triệu DWT với đủ các chủng loại tàu như: Tàu chuyên dụng chở container 19 chiếc, tàu dầu 6 chiếc, tàu chở ga 4 chiếc. Còn lại là các tàu chở hàng khô, bách hóa...

Đội tàu của các đơn vị vận tải hoạt động đạt hiệu qủa cao trên các tuyến vận tải trong nước và quốc tế. Các tàu và sà lan chở khí hóa lỏng LPG của Công ty cổ phần đầu tư và vận tải dầu khí Vinashin bước đầu đã chiếm thị phần trong lĩnh vực vận tải này. Đặc biệt, Công ty vận tải Biển Đông, Công ty vận tải viễn dương Vinashin đã thực hiện nhiều chuyến vận tải hàng hóa vòng quanh thế giới để khắng định chất lượng các con tàu do các nhà máy chúng ta đóng và quảng bá thương hiệu của Tập đoàn kinh tế Vinashin.